十字軍東征研究的敏感性，不單單在於它涉及兩個文明和宗教的歷史衝突，更在於這種衝突至仍然是世界動蕩不安的根源。在恐怖分子襲擊紐約世貿大樓的九一一事件發生之後，美國總統發動了所謂的反恐戰爭，先後對兩個回教國家阿富汗和伊拉克動兵，並發生口誤，將這樣的戰爭以十字軍東征來形容，引發世界輿論的譁然，也使歷史上十字軍東征的研究，被籠罩上更多的當代文明衝突的陰影和“政治正確“的轄制。

不僅如此，即使在研究的方法上，隨著後現代思潮的出現，導致歷史研究的傳統也面臨多元敍事方式的挑戰，原來被視為具有整合性普遍性的歷史敍述，遭遇行行色色的“語言遊戲“的衝擊，而處於解體的邊緣。這種狀況，導致歷史事件的研究產生了不確定性的後果。昨天認為是歷史的英雄，今天可能被認為是不識時務的頑固派，昨天是歷史的罪人，今天可能被翻案成歷史的推動者。借用胡適之的話來說，歷史，真的成了任人化妝擺佈的小姑娘。

十字軍研究的困難更大。除了我們在引言當中提及的三個原因之外，今天的國際政治形勢和美國以色列輿中東回教國家的緊張關係，使十字軍東征成為華人基督教研究的“禁區“，少碰為妙或者“十字軍東征是中世紀黑暗“的政治正確，是華人一般對待這個問題的基本立場。
不錯，十字軍東征作為中世紀基督教輿回教衝突的大事情，前後又延續數個世紀，涉及的地區範圍又如此之大，如果用以偏概全或者以點及面的方式來下定論，那什麼樣的結論都不令人奇怪。

舉例而言，在許多史書中，因為要否定十字軍東征的正義性，所以在敍述十字軍東征的過程中，大量描繪了十字軍東征的殘酷性，對拜占廷的劫掠是典型的事例。因為在部份人眼裏，十字軍東征的直接原因並非只是基督教聖地耶路撒冷，而是羅馬教皇對拜占廷的野心，所以他們也事無巨細地記載所謂十字軍在拜占廷犯下的“罪行：1202年，拜占廷發生王位之爭。1203年6月，十字軍艦隊兵臨君士坦丁堡城下，並於1204年4月13日攻下城池。十字軍入城後縱火焚燒三天三夜，全部坊肆和藏書豐富的君士坦丁圖書館化為灰燼，許多藝術珍品和古典書籍不復存在。有一個記錄說：他們(十字軍) 把奉獻給上帝的處女用於滿足貪色青年的淫欲。他們不但掠奪皇室財富，毀壞貴族和平民的財物，而且還一定要殘暴地打劫教會，甚至打劫教堂的用具，把祭壇上的銀製品打得粉碎，打劫聖所，並掠走十字架和聖者的遺物。有研究說，對於許多破產農民來說，大多數人沒有真正到達聖地，他們因為一路搶劫而遭到殺害，所以中途撐不下去就散夥了。由於十字軍缺乏資源，他們轉而對歐洲的猶太人進行搶劫。一個所謂的猶太人目擊者這樣描述：當時這些農民十字軍的理論是，既然謀殺了救世主的猶太人就在身邊，我們何必還要遠征去為救世主復仇呢？

上述的這些情況確實存在，但是，一部分不良分子的行為，是否能全面否定十字軍東征的動機呢？至少，他們的行為不應該讓所有的東征參與者來承擔吧？以今天的伊拉克戰爭來說，有些美軍的虐待俘虜行為，是否就說明整個美軍都是禽獸之師呢？說到底，任何一場戰爭，即使是反法西斯德戰爭，都有士兵和指揮官的偏差行為存在。這方面的歷史真相必須被揭露，但不能成為戰爭定性的主要或者唯一依據。