約翰福音選了耶穌所行的幾個神蹟顯明祂是神的兒子，信祂的名可以得生命。每一個神蹟都有特殊的意義。

一、人在遭遇患難、甚至面臨過生死的危險，才醒悟，人生觀才起變化，價值觀也不同了，知道追求名利都是不重要的。門徒在看到耶穌行的五餅二魚的神蹟，都希望耶穌作王，自己也可得一官半職。可是他們此時卻遇到了風浪，生命遭到危險。風浪打碎了他們的官夢。就如今天基督徒仍然追求世上的東西，要有大風浪來打破這樣的夢。

二、門徒們認為主在船上會一帆風順，但實際上卻有風浪。信主的人住在這個敗壞的世界，同樣會有人生的患難。科技發達而有的疾病仍無法醫治，基督徒非基督徒一樣會得癌症, 但不同的是基督徒是打開了心門，接待主，得神的生命，四面雖受敵而不被困住。與主同在就是天堂。有個見證：一個美國歌唱家在演出時太太兒子同時離世，兩周後他不由自主唱出“親愛的主，牽我的手到天家”。

三、耶穌在水面上行走表示祂是神，不受自然律的統制，是超然的。門徒的觀念由此改變，不再追求地上的事而追求天上的事；不再追求神的恩典而追求施恩的主。若不真正認識主就不會改變人生觀念。信心來自認識，對主認識越深，信心就越大，屬靈的追求就更多，靈命更深。